프라이머 Tm · GC 계산기
프라이머 염기서열을 넣으면 길이·GC 함량·녹는점(Tm)을 계산합니다. 기본 공식과 근접이웃(nearest-neighbor) 추정, 분자량까지 표시.
브라우저에서 로컬 처리 · 서버 업로드 없음프라이머 염기서열
대소문자·공백·숫자는 무시되고 A·C·G·T만 사용합니다. (U는 T로 취급)
녹는점 (Tm) 추정
최근접이웃 계산 조건
전체 가닥 농도(C_T). 비자기상보 가정으로 C_T/4 사용.
ΔS 염 보정에 반영됩니다. (높을수록 Tm 상승)
※ 표시되는 모든 Tm은 정해진 공식에 따른 교육·참고용 추정치입니다. 실제 PCR 어닐링 온도와 다를 수 있습니다.
프라이머 Tm · GC 계산기 소개
프라이머 Tm·GC 계산기는 염기서열을 붙여넣으면 길이와 GC 함량, 세 가지 방식으로 계산한 녹는점(Tm), 그리고 분자량을 보여 줍니다. 프라이머 쌍을 설계하거나 남의 논문에 실린 서열을 가져와 쓸 때, 두 프라이머의 조건이 서로 맞는지 먼저 확인하는 용도로 적합합니다.
Tm 값이 세 개인 것은 계산 방식이 서로 다르기 때문입니다. Wallace 식은 2(A+T) + 4(G+C)라는 간단한 규칙으로 14 nt 미만의 짧은 올리고에 씁니다. GC 보정식은 길이와 GC 비율을 함께 반영해 14 nt 이상에 적합합니다. 최근접이웃법은 인접한 염기쌍마다 열역학 파라미터를 더해 가는 방식으로, 프라이머 농도와 Na⁺ 농도까지 반영하기 때문에 셋 중 실제에 가장 가깝습니다. 염 농도가 높을수록 이중나선이 안정되어 Tm이 올라가며, 이 도구는 SantaLucia(1998) 파라미터에 기본값 프라이머 250 nM·Na⁺ 50 mM을 적용합니다.
설계할 때 함께 볼 지표들이 있습니다. GC 함량은 40~60%가 무난하고, 프라이머 쌍의 Tm 차이는 5°C 이내로 맞추는 것이 좋습니다. 3′ 말단이 G나 C로 끝나면 결합이 안정되지만 GC가 세 개 이상 연달아 오면 비특이 결합이 늘어납니다. 어닐링 온도는 보통 낮은 쪽 Tm에서 5°C가량 내려 잡아 시작하지만, 이 값만 보고 확정하지는 마세요. 표시되는 Tm은 정해진 공식에 따른 추정치이고 실제 최적 온도는 효소·버퍼 조성·주형 특성에 따라 달라집니다. 헤어핀이나 프라이머 다이머는 여기서 검사하지 않으므로 전용 도구로 따로 확인해야 합니다.
사용 방법
- 프라이머의 염기서열을 입력창에 붙여넣으세요. 대소문자·공백·숫자는 무시하고 A·C·G·T만 사용합니다. (U는 T로 취급)
- 입력과 동시에 길이·GC 함량·A/T/G/C 개수가 실시간으로 계산됩니다.
- 세 가지 Tm(녹는점) 추정값이 표시됩니다 — 기본식(Wallace), GC 보정식, 최근접이웃법(Nearest-Neighbor).
- 필요하면 프라이머 농도와 Na⁺ 농도를 조절해 최근접이웃 Tm·염 보정 결과를 다시 확인하세요.
- 분자량(ssDNA)도 함께 표시되어 농도 환산 등에 참고할 수 있어요.