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실험실 · 과학

프라이머 Tm · GC 계산기

프라이머 염기서열을 넣으면 길이·GC 함량·녹는점(Tm)을 계산합니다. 기본 공식과 근접이웃(nearest-neighbor) 추정, 분자량까지 표시.

브라우저에서 로컬 처리 · 서버 업로드 없음

프라이머 염기서열

대소문자·공백·숫자는 무시되고 A·C·G·T만 사용합니다. (U는 T로 취급)

최근접이웃 계산 조건

전체 가닥 농도(C_T). 비자기상보 가정으로 C_T/4 사용.

ΔS 염 보정에 반영됩니다. (높을수록 Tm 상승)

프라이머 Tm · GC 계산기 소개

프라이머 염기서열을 붙여넣으면 길이, GC 함량, 녹는점(Tm), 분자량을 계산합니다. 기본 공식 추정과 함께 보다 정밀한 근접이웃(nearest-neighbor) 방식 Tm도 보여 줘 PCR 프라이머 쌍의 Tm 차이를 비교하며 어닐링 온도를 정할 때 참고할 수 있습니다.

여러 프라이머의 Tm과 GC를 빠르게 비교해 설계 검토 시간을 줄여 줍니다. Tm은 염 농도, 프라이머 농도, 미스매치 등 실제 반응 조건에 따라 달라지는 추정값이므로 최적 어닐링 온도는 그라디언트 PCR로 실험적으로 잡는 것이 안전합니다. 서열은 서버로 전송되지 않고 브라우저에서만 처리됩니다.

사용 방법

  1. 프라이머의 염기서열을 입력창에 붙여넣으세요. 대소문자·공백·숫자는 무시하고 A·C·G·T만 사용합니다. (U는 T로 취급)
  2. 입력과 동시에 길이·GC 함량·A/T/G/C 개수가 실시간으로 계산됩니다.
  3. 세 가지 Tm(녹는점) 추정값이 표시됩니다 — 기본식(Wallace), GC 보정식, 최근접이웃법(Nearest-Neighbor).
  4. 필요하면 프라이머 농도Na⁺ 농도를 조절해 최근접이웃 Tm·염 보정 결과를 다시 확인하세요.
  5. 분자량(ssDNA)도 함께 표시되어 농도 환산 등에 참고할 수 있어요.

자주 묻는 질문

세 가지 Tm 값이 서로 다른 이유는 무엇인가요?
계산 공식이 다르기 때문입니다. 기본식(Wallace)은 짧은 올리고(14nt 미만)에, GC 보정식은 14nt 이상에 권장됩니다. 최근접이웃법은 인접한 염기쌍의 열역학 파라미터를 합산하고 프라이머·염 농도를 반영해 가장 정밀한 편입니다. 실제 PCR 조건과는 차이가 날 수 있는 참고용 추정치입니다.
프라이머 농도와 Na⁺ 농도는 왜 입력하나요?
최근접이웃법 Tm은 프라이머 농도와 염(Na⁺) 농도에 따라 달라집니다. 염 농도가 높을수록 이중나선이 안정되어 Tm이 올라갑니다. 본 도구는 SantaLucia(1998) 파라미터와 ΔS 염 보정식을 사용하며, 기본값은 프라이머 250nM·Na⁺ 50mM입니다. 기본식·GC 보정식에는 영향을 주지 않습니다.
ACGT 외의 문자나 U가 들어가면 어떻게 되나요?
공백·숫자·대소문자는 자동으로 정리되고, UT로 바꿔 계산합니다. A·C·G·T·U 외의 문자(예: N, 기호)는 무시하며, 무시된 개수를 안내합니다.
이 값으로 바로 PCR 어닐링 온도를 정해도 되나요?
권장하지 않습니다. 표시되는 Tm은 정해진 공식에 따른 교육·참고용 추정치로, 실제 어닐링 온도는 효소·버퍼·서열 특성에 따라 달라집니다. 정밀한 실험 설계에는 제조사 도구나 검증된 소프트웨어를 함께 사용하세요.

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