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단백질 서열 분석 (MW · pI · 흡광계수)

아미노산 서열로 분자량, 이론 pI, 280nm 흡광계수, GRAVY, 지방족 지수, 조성을 계산합니다. 논문 방법 절용 요약 문장 제공.

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단백질 서열

표준 아미노산 20종(1문자)만 계산합니다. B·Z·X 등 모호 코드는 개수만 알려드려요.

시스테인 상태

단백질 서열 분석 (MW · pI · 흡광계수) 소개

단백질 서열 분석은 아미노산 서열만으로 논문 방법 절과 실험 노트에 필요한 물리화학적 지표를 한 번에 계산합니다. 평균 잔기 질량을 합산한 분자량은 SDS-PAGE에서 밴드 위치를 예상하거나 몰농도를 질량농도로 바꿀 때 쓰고, 이론 등전점(pI)은 이온교환 크로마토그래피의 pH 조건과 등전점 전기영동의 범위를 정하는 근거가 됩니다. 280nm 몰흡광계수는 정제 후 UV 흡광도로 단백질 농도를 구할 때 반드시 필요한 값으로, 트립토판·티로신·이황화결합 개수로 계산하는 Pace(1995)의 식을 씁니다.

pI는 N-말단·C-말단과 Asp·Glu·Cys·Tyr·His·Lys·Arg의 pKa로 각 pH에서 순전하를 구한 뒤 전하가 0이 되는 지점을 이분법으로 찾습니다. pKa 세트는 ExPASy ProtParam과 같은 Bjellqvist 계열이라 널리 인용되는 값과 비교하기 쉽습니다. 원하는 pH에서의 순전하도 함께 표시되므로 완충액 pH에서 단백질이 양전하인지 음전하인지, 어떤 수지에 결합할지 미리 판단할 수 있습니다.

GRAVY(Kyte–Doolittle 평균 소수성)와 지방족 지수(Ikai 1980)는 막단백질 가능성과 열안정성을 가늠하는 고전적 지표입니다. 아미노산 조성표는 개수와 비율을 막대와 함께 보여주고 소수성·극성·전하 그룹별 합계도 정리합니다. 마지막으로 계산 근거를 포함한 요약 문장을 복사할 수 있어 방법 절에 그대로 인용할 수 있습니다. 이 값들은 서열만으로 구한 이론값이며 인산화·당화 같은 번역 후 변형이나 실제 접힘은 반영하지 않습니다.

사용 방법

  1. 단백질 서열을 1문자 아미노산 코드로 붙여넣으세요. FASTA 헤더·공백·숫자는 자동으로 제거되고, 20종 표준 아미노산만 계산에 쓰입니다.
  2. 입력과 동시에 분자량·이론 pI·280nm 흡광계수·GRAVY·지방족 지수·전하가 계산됩니다.
  3. 시스테인 상태(환원형/이황화결합)를 바꾸면 흡광계수가, pH 값을 바꾸면 그 pH에서의 순전하가 다시 계산됩니다.
  4. 아래 조성표에서 아미노산별 개수와 비율을 확인하고, 논문 방법 절에 넣을 요약 문장을 복사하세요.

자주 묻는 질문

pI는 어떻게 계산하나요?
N-말단·C-말단과 7개 이온화 잔기(Asp·Glu·Cys·Tyr·His·Lys·Arg)의 pKa로 각 pH에서 순전하를 구하고, 전하가 0이 되는 pH를 이분법으로 찾습니다. pKa 값은 Bjellqvist 계열(ExPASy Compute pI/Mw와 같은 계열)을 사용하므로 ExPASy 결과와 대체로 0.1 이내에서 일치합니다. 번역 후 변형이나 실제 접힘 상태는 반영하지 않는 이론값입니다.
흡광계수는 어떤 식인가요?
Pace 등(1995)의 식 ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×(Cys–Cys 쌍) M⁻¹cm⁻¹ 을 사용합니다. 환원형을 선택하면 시스테인 항을 0으로 두고, 이황화결합을 선택하면 시스테인이 모두 짝을 이룬다고 가정합니다. 0.1% (1 mg/mL) 흡광도도 함께 표시합니다.
분자량은 평균 질량인가요, 단일동위원소 질량인가요?
평균 잔기 질량(average mass)의 합에 물 한 분자(18.015 Da)를 더한 값입니다. 질량분석에서 쓰는 단일동위원소 질량과는 다르며, SDS-PAGE 크기 추정이나 몰농도 환산에 적합합니다.
GRAVY와 지방족 지수는 무엇을 뜻하나요?
GRAVY는 Kyte–Doolittle 소수성 지수의 평균으로, 양수면 소수성·음수면 친수성 경향입니다. 지방족 지수(Ikai 1980)는 Ala·Val·Ile·Leu 측쇄가 차지하는 상대 부피로 열안정성의 간접 지표로 쓰입니다.

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